Estamos en Japón, año 2035. Durante un experimento ocurre un accidente llamado "La Explosión", y se desata una cosa viva artificial llamada "Materia" que invade todo el Desfiladero de Kurobe. El gobierno clausura la ciudad científica que era la esperanza de la humanidad. Dos años después, Aiko Tachibana, una chica de 15 años que perdió a su familia en el desastre, se entera de algo increíble por parte de Yuya Kanzaki, un compañero nuevo. Resulta que hay un secreto escondido en su propio cuerpo, y la clave está en el "Punto Prim