La trama pasa en 2027, un año después de que terminó la cuarta guerra no nuclear. New Port City todavía está recuperándose cuando explota una mina autopropulsada. Luego, matan a un militar que aceptaba sobornos por armas. El investigador Daisuke Aramaki se topa con Motoko Kusanagi, una ciborg experta en hackeo de la Unidad Secreta 501. Batou, un tipo con un ojo especial, cree que Kusanagi causó la bomba. El detective Togusa investiga el asesinato del militar y el de una prostituta. A Kusanagi la vigilan el j También conocida como: Ghost in the Shell Arise : Border 1-Ghost Pain.