La historia de la nueva entrega pasa en el invierno de 2028, justo después de la guerra, mientras reconstruyen la ciudad. En New Port City hay protestas por los intereses de unos carteles extranjeros. La cosa se pone fea cuando la policía antidisturbios dispara contra la gente. Todo empieza por un virus en los cerebros cibernéticos que suelta el terrorista "Fire Starter". Makoto Kusanagi lidera un equipo especial que quiere resolver el problema a su manera, siguiendo su propio sentido de la justicia. Detrás del desastre están Emma, una chica de metal, y Burinda Junior, un espantapá También conocida como: Ghost in the Shell Arise: Border 4-Ghost Stands Alone.