En el Japón de la era Meiji, un peligro enorme amenaza al país. Kenshin, antes un guerrero mortal, ahora busca paz en la academia Kamiya. Pero aparece Shishio, un asesino que sobrevivió a su ejecución y quiere quemar Kioto y tumbar al gobierno. Este tipo busca venganza y pone a Japón en crisis. Kenshin, junto a Yahiko y Kaoru, viaja a la antigua capital. Ahí tendrá que elegir: mantener su promesa de no matar o usar su espada para salvar inocentes. Kioto será el lugar donde se decida el futuro del país.