La pandilla Mystery Inc. viaja a Japón y termina recorriendo Asia y el Pacífico en una cacería de tesoros. Corren contra el Vengativo Samurái Negro y sus guerreros ninja para encontrar la legendaria Espada del Destino, una espada antigua con poderes sobrenaturales. También conocida como: Scooby-Doo and the Samurai Sword.