Esta historia pasa en un pueblito de Japón, rodeado de naturaleza. Ahí está el gran colegio Otobashi Gakuen, hecho para que los alumnos convivan con el campo. Todo comienza con Kurusugawa Himeko, una estudiante normal de ese lugar. Ella pasa días felices con sus dos amigos: Himekawa Chikane, una chica de familia importante, bonita, buena en deportes y estudios, y Oogami Souma, su amigo de la infancia que no sabe expresar sus sentimientos pero es sincero. En el cumpleaños 16 de Himeko, una luna oscura tapa al sol y los Orochi También conocida como: Kannazuki no Miko.