Ash, Misty y Tracey viajan en un barco y embarcan en una isla llamada Shamouti, donde son recibidos por Melody. Melody invita a Ash a una fiesta donde le cuentan la leyenda de Articuno, Zapdos y Moltres, le dicen que ellos mantienen la naturaleza de la tierra gobernada por los elementos: fuego, eléctrico y hielo. Los tres han vivido en armonía durante siglos, un día, cuenta la leyenda, la coexistencia pacífica de estas aves poderosas se verá interrumpida, desatando los elementos y provocando el caos en el mundo. Sólo el Elegido tendrá el poder de restablecer el poder en el mundo. Este quebrantamiento de la armonía se lleva a cabo porque un coleccionista de Pokémon intenta atrapar a las aves legendarias para que así aparezca su verdadero objetivo (Lugia).