La historia tiene lugar en una ciudad japonesa sin nombre, un mes después de que un pilar de luz apareció en el cielo nocturno y cinco años después de una serie de asesinatos en serie. Boogiepop Phantom sigue un elenco de personajes, en su mayoría estudiantes de secundaria, que son testigos del incidente y sus consecuencias. En el momento de la serie, los estudiantes de secundaria han comenzado a desaparecer de nuevo y la culpa se coloca en Boogiepop, una leyenda urbana que se dice que es la personificación de la muerte.