La academia Kamome es conocida por sus famosos «siete misterios». Y por los acontecimientos sobrenaturales popularizados por rumores de los estudiantes. Nene Yashiro, una estudiante de primer año, amante de lo oculto y que desea conquistar a un chico de tercer año de su colegio. Por lo que decide invocar el séptimo misterio, «Hanako-san», una niña que murió en el baño de chicas hace mucho tiempo y que puede conceder deseos. Sin embargo, al invocar al fantasma, Hanako-san se revela como un chico. Y en un giro en los acontecimientos Nene se convierte en su asistente, siguiendo sus aventuras para mantener el equilibrio entre el mundo espiritual y el mundo humano, así como descubriendo diferentes hechos que giran en torno a los siete misterios escondiendo profundos secretos, principalmente Hanako-san.