Shiki Tōno sufrió un accidente que casi le quita la vida cuando niño. Eso le dio la habilidad de distinguir «Líneas de la Muerte», que cruzan tanto las superficies como las personas, y que con cualquier objeto afilado, puede provocar su muerte sin posibilidad de reparar las heridas. Varios años después, ya adolescente y con unos anteojos que una bruja le regaló en el hospital para cubrir las Líneas, debe volver a la mansión de los Tōno, donde se reencuentra con su hermana Akiha, a quien no veía desde el accidente. Pero la vida normal de Shiki terminó el día que se topó con una mujer rubia de nombre Arcueid Brunestud, y con los seres de la oscuridad que invaden la ciudad.